En 1896, le Laboratoire de bactériologie de la Faculté de médecine est créé. On verra apparaître les premiers cours en bactériologie à la faculté quelques années plus tard, enseignement assumé par le docteur Télésphore Parizeau, le premier chargé de cours de cette discipline. La fondation du Département de bactériologie s'est faite dans les années 30, en collaboration avec l'Institut de microbiologie de l'Université de Montréal. Le certificat en bactériologie se donne à partir de 1933. Le Département de microbiologie et immunologie en tant que division administrative reconnue et autorisée à dispenser l'enseignement de ces disciplines aux trois cycles commence ses activités en 1951 sous la direction du docteur Armand Frappier, directeur jusqu'en 1964. Le département gagne vers 1960 une reconnaissance internationale grâce à des travaux fondamentaux dirigés par J. de Repentigny sur la fluorescence, son évaluation et ses applications pratiques en microscopie, en plus de sa réputation déjà établie pour ses travaux sur la tuberculose et la vaccination préventive au BCG. En 1968, le département crée une orientation en microbiologie et immunologie pour les étudiants en sciences biologiques. Au cours des années subséquentes, cette orientation a connu un développement considérable.